知网查重没有按目录分段的原因可能是由于文档的目录结构未能正确识别，或者知网查重工具的算法未能准确匹配文档的目录信息。解决方法可以尝试重新上传文档，确保文档的目录结构清晰可见，并根据知网查重工具的要求进行操作。另外，也可以联系知网客服寻求帮助，了解是否有其他解决方案。

查重没有按目录分段可能是由于文档格式不符合知网查重的要求，或者知网查重工具在处理目录结构时出现了错误。为了解决这个问题，可以尝试将文档转换为支持的格式再进行查重，或者尝试使用其他查重工具进行比对。此外，也可以查阅知网查重工具的使用说明，寻求相关解决方案。